Pemikiran yang melandasi konsep boarding class di SMP Negeri 4 Pakem adalah semangat “beyond the limit”. Sebuah indiom dalam bahasa Inggris yang memberi spirit luar biasa dan menjadikan SMP Negeri 4 Pakem selalu berbeda dengan sekolah pada umumnya. Semangat warga sekolah untuk selalu menjadi luar biasa dan berbeda dalam segala hal, baik input, proses maupun output. Boarding Class yang sangat kental dengan penguatan karakter lahir sejak tahun pelajaran 2017/2018 sebanyak satu rombel. Boarding Class merupakan perjuangan panjang dari Sekolah Potensial, SSN, RSBI, Rujukan dan PPK. Inilah pemikiran visioner agar tetap bertahan dalam berbagai perubahan dan tetap memiliki keunggulan.
Boarding Class merupakan implikasi pendidikan karakter yang efektif. Menurut Muchlas Samani dan Hariyanto (2012:172) salah satu pendidikan karakter yang efektif adalah pendidikan yang secara nyata berupaya mengembangkan motivasi pribadi siswa. Motivasi pribadi peserta didik dalam mengikuti program boarding class ini menjadi kunci utama. Salah satu alasan situasional yang melatarbelakangi orang tua lebih percaya dan memilih boarding class karena berbagai keterbatasan. Kesibukan orang tua, dan keterbatasan waktu untuk berinteraksi dengan anak mendorong untuk mengikutkan pada program boarding class. Penguatan karakter menekankan pada pengembangan motivasi pribadi siswa agar lebih mandiri, bertanggungjawab, disiplin, tertib dan teratur. Kehidupan bersosialisasi, beribadah linkungan asrama sekolah merupakan upaya membangun lingkungan kondusif.
Fasilitas boarding class berbasis pesantren di SMP negeri 4 Pakem sangat memadai. Fasilitas yang ada meliputi asrama untuk tempat tinggal, fasilitas belajar/mengaji, beribadah, dan fasilitas pendukung lainnya. Asrama terdiri dari 27 kamar, masing-masing kamar untuk 4 siswa. Kamar tidur dilengkapi tempat tidur, meja belajar, stop kontak, kamar mandi/toilet. Fasilitas belajar dan mengaji disediakan ruang belajar dan masjid sebagai tempat ibadah. Fasilitas pendukung lainnya adalah tempat berolahraga, taman untuk beristirahat, bermain, dan juga untuk belajar dan bersosialisasi. Selain itu tersedia kantin sekolah.
Program boarding class ini terdiri dari kegiatan kemandirian dalam keperluan sehari-hari, kegiatan rutin terprogram, kegiatan belajar, mengaji, kepemimpinan, dll. Kegiatan kemandirian diatur oleh maing-masing siswa misalnya, kapan harus tidur, beristirahat, mandi, dll. Kegiatan rutin terprogram yaitu kegiatan yang ditargetkan sekolah, dilaksanakan oleh masing-masing siswa misalnya tadarus, menghafal Alquran. Kegiatan belajar dilakukan untuk memperdalam materi yang diperoleh dalam pembelajaran reguler pagi hari. Untuk melatih kepemimpinan dilakukan dalam forum-forum diskusi dan proses pembelajaran. Program tahfidz Alquran merupakan salah satu target siswa. Fasilitas untuk pendalaman agama juga cukup memadai.
Kesuksesan program boarding class di SMP negeri 4 Pakem pantas diajungi jempol, sekalipun demikian, masih banyak tantangan ke depan. Hal ini karena kapasitas boarding class baru mampu menampung satu rombel untuk tiap jenjang kelas. Selain pengelolaan pembelajaran, kelas ini memerlukan ektra tenaga dan waktu dalam penyediaan asrama dan akomodasinya. Dalam pengelolaan kelas ini sekolah membentuk tim khusus yang bertugas mendalami agama (Program Tahfidz Al qur’an), bersosialisi dalam asrama, kemandirian, beribadah secara khusuk. Strategi pengelolaan program Tahfidz Al quran yang pertama-tama dilakukan adalah memberikan pemahaman pada siswa agar mampu menata niat, meluruskan tujuan terutama untuk menjauhi maksiat, dan yang utamanya adalah membangun lingkungan kondusif. Sedangka tips yang digunakan antara lain: (a) menggunakan satu mushaf yang sama, (b) mendengarkan bacaan qori, (c) memanfaatakan teknologi dan waktu yang ada.